Dupa ce s-au stabilit prioritatile investitionale la nivel de tara, banii se impart in functie de acestea pe Axe Prioritare. Fiecare Axa are o Autoritate de Management, care este organismul decizional pentru acea Axa si un Organism Intermediar, care executa tot ceea ce este necesar pentru ca banii sa ajunga la beneficiarul final. Autoritatile de Management (AM) sunt in general Ministerele de resort, in vreme ce Organismele Intermediare (OI) pot fi alte Ministere sau structuri centrale si teritoriale infiintate special pentru acest rol (Agentii de Dezvoltare Regionala, Oficii Judetene etc.). OI-urile organizeaza lansarile de propuneri de proiecte, evalueaza proiectele, semneaza contractele si intermediaza decontarile, verificand daca s-a respectat legislatia de achizitie in domeniu si prevederile contractuale.
